Сето — православные. Эта конфессиональная принадлежность объясняется прежде всего тем, что Сетомаа располагалась в основном вокруг Псково-Печерской обители, с XV-XVI веков ставшей мощным духовным центром Руси на северо-западной окраине государства Московского.
До крещения сето были язычниками (как и другие прибалтийские племена). Языческую веру отражали жертвенные камни и лечебные источники, фигура древнего бога плодородия, которую прятали; ритуалы, связанные с ней, были мужской тайной. С христианством, как и с язычеством, связаны старые сосны лаудсипедяйяд, до которых покойника несли на руках. Сохранилась вера в силы природы и в души предков.
Христианство в лице православия пришло в Сетомаа в
Для православных сето церковные обряды — святое. В каждой избе был свой красный угол пюхасенульк с иконами и рушниками, на полу небольшой половик, на который во время молитвы становились на колени, читали молитвы и крестились. Это был тихий уголок, где детям не позволялось играть; место, где человек мог побыть наедине сам с собой.
Некоторые реликты сетоской обрядности восходят к эпохе древнейшей волжско-финской языковой общности. Еще в конце XIX века у сету сохранялись обряды, связанные с тайным поклонением некоему богу плодородия Пеко — Peko Jumal. Пеко изображали в виде деревянной фигуры или восковой свечи. Его фигурку хранили в темном месте и лишь во время сева выносили на поля, чтобы освятить землю. Призывали Пеко и в песнях. В честь Пеко устраивалась совместная трапеза перед началом и по окончании полевых работ. Фигурка Пеко была достоянием определенного братства (группы родственных семей). Подобные ему духи, покровители плодородия, были и у других финноязычных народов: эстонцев, мордвы, води, карел и финнов. Но у них подобные обряды отошли в прошлое раньше, чем у сето.
Ежегодно в результате ритуальной рукопашной битвы выбирался новый глава братства, хранитель Пеко, который держал его в своем амбаре. Накануне Троицы в каждом дворе варилось пиво, которое затем свозилось в один двор, где в этот год должно было совершаться празднество. Место празднества каждый год избиралось новое, и хозяин праздника узнавался так: на утро до рассвета возились между собой, стараясь окровавиться. У кого первого появилась кровь, тот и считался хозяином… на следующий год.
На праздник приходили с каждого двора только хозяин и хозяйка. Богу Пеко зажигали черные свечи. В начале пиршества обращались к нему с воззванием: «Пеко, Пеко, иди пить пиво, вкушать сладчайшего!» Жрец-старец приносил ему какую-то жертву.
Вероятно, Пеко у сето был первоначально одним из духов покровителей рода, а позже — территориальной общины (деревни). Со временем он превратился в божество плодородия, а также повелителя небесных осадков.
Своеобразно почиталось ими также древнее скульптурное изображение св. Николая Мирликийского с мечом в одной руке и храмом в другой (иконографический тип: Никола Можайский), находящееся в надвратной церкви Печерского монастыря. Существует предание, что во время осады монастыря войсками Стефана Батория, святитель Николай сам встал на защиту обители. Поэтому скульптура получила в народе название Никола Ратный. В день св. Николая «это изваяние, — писал Ю. Трусман, — с женским коралловым украшением на груди… обкладывается снизу до верху лепешками, кадками с маслом и творогом так, что его не видно… богомольцы обмазывали его губы маслом и творогом». Однако, этот рассказ может быть и недостоверным.
Подобно многим прибалтийско-финским народам, сето имели свои священные рощи, камни, источники.